更新后的校徽在色彩和设计上进行了显著的调整。原有的绿蓝配色被去除，新的心形外框以红色为底，内部图形则采用了反白处理，形成更为鲜明的对比。在细节上，新版校徽并未对内部的图形做改动，如蛇、手杖和杨柳枝与原先的造型一致，只是在图形的底部居中位置添加了学校的创始年份。
另一个较为显著的变化是盾形外框的设计。新校徽的盾形外框去掉了缩写名称，顶部区域增加中文校名，左右两侧辅以英文全称校名。此外，新版字标采用了「方正启功行楷」字体，并将「北京中医药大学」更改为繁体「北京中醫藥大學」。
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